La primera equipación del Hergar F.C. fue verde. El primer equipo del club (cadete), lució la camiseta verde durante la temporada 1995-1996, siendo la suplente morada. La publicidad de aquella equipación corría a cargo de la imprenta Hergar S.L., que dio nombre al club.

En la siguiente temporada (1996-1997), el equipo, ahora juvenil, lució las mismas camisetas que en la anterior. Sin embargo, el nuevo equipo infantil se estrenó con una camiseta distinta, aunque también verde, de la marca luanvi. La publicidad también corrió a cargo de la imprenta Hergar S.L.

Cadete (95-96) y Juvenil(96-97)

Infantil(96-97)

En la temporada 1997-1998, se decidió cambiar el color de la camiseta. Los equipos juvenil y cadete lucieron una camiseta negra con adornos dorados, mientras que los infantiles lucieron una camiseta similar aunque de color azul marino. La publicidad la llevo a cargo Caja Duero, que ha patrocinado el resto de equipaciones del Hergar F.C. E la espalda, Victor Jara patrocinaba al equipo.

Juvenil y cadete (97-98)                        Infantil (97-98)

En la temporada 1998-1999, el equipo se fusionó con la base de la UDS, llamándose UDS - Hergar F.C. De este modo las equipaciones pasaron a ser moradas, muy similares a las suplentes de la UDS. Sin embargo la suplente quiso mantener los colores originales del Hergar F.C., siendo verde.

En la temporada 1999-2000, aun formando parte del UDS - Hergar, las equipaciones pasaron a ser más parecidas a la de la UDS, siendo blancas con pantalón negro. Cabe destacar la novedad del cuello redondo azul marino de las camisetas.

Del 2000 al 2003, el Hergar F.C. cambió sus equipàciones volviéndose a vestir de negro con adornos dorados. El equipo dejó de estar con la UDS y por tanto las equipaciones cambiaron, siendo las que más han durado al frente del club. En la espalda, Helmántica S.A. pasó a patrocinar al equipo.

Para dar una nueva imagen al Hergar F.C. la equipación pasó a ser naranja en la temporada 2003-2004, mantienendo adornos y pantalones negros en referencia a la anterior equipación. Para la temporada 2004-2005, el club decidió mantener estas equipaciones que distinguen al Hergar F.C. dentro del fútbol base salmantino.

En los siguientes dos años, en los que estuvo de coordinador del club Javi Grima, la equipación pasó a ser amarilla, con pantalones verdes. En la temporada 2005-2006, la marca fue Iuanvi, y se vistieron medias amarillas, mientras que en la 2006-2007, pasó a ser Joma, con medias blancas. En ambas temporadas, se mantuvo el patrocinio de Caja Duero por delante, y Helmántica S.A. por detrás.

En la temporada 2007-2008, en la que Neme retoma el mando del club, se decide apostar por un cambio radical, pasando del amarillo al bonito y elegante color burdeos, combinado con pantalones blancos y medias del mismo color. A su vez, se mantiene el patrocinio de Caja Duero por delante y de Helmántica S.A. por detrás. Para la temporada 2008-2009, las equipaciones cambian pero se mantienen los mismos colores.